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表題のmsdn解説記事にも書かれているが、何とか実現できないものか。
手動でやるのはあまり難しくなく、発行されたプロジェクト／ソリューションフォルダ中の

bin\Release（場合によってはDebug）\app.publish\Application Files\【アプリケーション名】_【メジャーバージョン番号】_【マイナーバージョン番号】_【ビルドバージョン番号】_【リビジョンバージョン番号】\

フォルダ以下のファイルとフォルダをその構造のままインストール先にコピーすればいいだけなのだ。ただし、以下のことをやる必要がある。
コピー元がファイルの場合は、『【ファイルベース】.【拡張子】.deploy』となっているファイル名を『【ファイルベース】.【拡張子】』に変更する。
このことが自動的に行なえるフリーのインストーラ作成ソフトは見当たらない。

逆に言うと、ClickOnceで発行して、この手間だけ済ませる準備をしておけば、たいがいのフリーのインストーラ作成ソフトが使える、ということだ。

簡単インストーラはじめ、CreateInstall Free JPでも、EXEpress CXでも、どれも申し分ない。問題なく使える。