ClickOnceのアプリとインストーラのアプリの両方がインストールされているといろいろ面倒なことが起こるかも知れない。
インストール場所のバッティングはほぼ起きないと思う。
アンインストールのキーの名前は確実に一致するだろうから、インストーラの設定で工夫すべきかもしれない。
スタートメニューの登録名も同じになりそうだ。インストーラー版はそれと分かるように名前変えるか。
多重起動の抑制は未実装だけど可能なのかなぁ。是非確認してみたい。
環境設定や入出力ファイルを扱うようになったとき、共通にしておくのがいいのだろうかそれともそれぞれでしておいた方がいいのだろうか。インストールされているバージョンが違ってた場合問題がおきないだろうか。